O Campus Avançado Sinop não é uma unidade gestora executora, por estar em processo de implantação e não contar com equipe de servidores necessários para execução orçamentária e financeira. Através da Portaria nº 1.076, de 28 de abril de 2016 está vinculado e subordinado a UG 158144/Reitoria, que é responsável por atos de natureza administrativa, financeira, orçamentária e patrimonial.
E por ser um Campus em implantação, não possui “todos” os departamentos ou setores que outros Campi do IFMT possuem, e sendo assim os atos administrativos são efetuados/instruídos até um certo ponto no Campus Avançado Sinop e na sequência encaminhado para Reitoria em Cuiabá/MT para dar sequência na execução orçamentária e financeira.